PCR Testet

45 cykler för ett PCR-prov (egenprovtagningen) oklart hur många cykler som körs för våra assisterade prov. Jag kan återkomma med svar på detta. Jag länkar det till samma mailkonversation.

Det är labbens validering av testerna som avgör hur många cykler ett test genomgår. Valideringen av proverna/metoden vid de nationellt upphandlade labben (bland annat då Dynamic code) ska godkännas av Folkhälsomyndigheten.

Alla analyser körs inte via samma labb. De prover som går via egenprovtagning analyseras av Dynamic code i Linköping och de prover som tas assisterat (med hjälp av vårdpersonal) analysers av vårt eget laboratorium vid Länssjukhuset i Kalmar.

Med vänlig hälsning
Andreas Delphin
—————————————————————————————————–

En komplettering till Region Kalmar läns tidigare svar
En del av våra tester körs i 40 och en del i 45. Det beror på vilket system som används.

Med vänlig hälsning
Andreas Delphin

genom Diariet
Regionstab kansli
_________________________

Region Kalmar län

I Visby analyserar vi med 40 cykler. I de fall där prover är svagt positiva alltså ct mellan 37-40 görs bedömningar utefter hur amplifieringskurvan ser ut. Ser kurvan ”bra” ut svaras även dessa ut. Om osäkerhet finns analyseras provet om och man gör därefter en ny bedömning.
Alla Covid-19 prov från sjukhuset samt SÄBO och psyk eller vid speciella frågeställningar analyseras på Visby lasaretts lab. Öppenvårdsprov och egenprovtagning skickas till KS för analys.

Fohm har tidigare gett ut riktlinjer hur man ska hantera svagt positiva prov.Som svar på frågan hur många cykler som körs så är vi bundna till tillverkarnas protokoll.I vissa regioner finns in-house metoder där man själv kan styra antalet cykler men jag skulle tro att de flesta inte kör över 40 cykler då detta kan ge ospecifika svar.

Hoppas detta är svar på dina frågor.

Hälsningar
Jonny Kumlin
Molekylärbiolog

Nedan ser du svar från mikrobiologiska laboratoriet inom Karolinska.

Vi har flera olika metoder/instrument från olika tillverkare när det gäller PCR för att påvisa coronavirus SARS-CoV-2-RNA. Detta för att kunna få upp kapaciteten och kunna möta behovet av analyser. De olika metoderna kan skilja något i antal cykler men med liten variation där de flesta metoder ligger runt 40 cykler

Det är även ytterligare laboratorium inom region Stockholm som analyserar PCR för att påvisa coronavirus SARS-CoV-2-RNA.

Det är Unilabs , A05 och Synlab som även utför PCR prov gällande SARS-CoV-2-RNA

Med vänlig hälsningar
Christel
Karolinska Universitetslaboratoriet

Vi kör 45 cykler per test. Det är två olika labb som utför testet.
Avgörs per labb. och beror på vilket instrument som används. Alla metoder genomgår sedan en validering.

Johan Lindh, PhD, Ass. Prof.
Sektionschef Klinisk Mikrobiologi och Vårdhygien

KMB
Akademiska laboratoriet
Akademiska sjukhuset

Här kommer svar från klinisk mikrobiologi i Region Östergötland:

Antalet cykler innan analysen är avslutad är lite beroende på vilket test man har. I regel kör man 40-45 cykler och får man ingen signal är provet negativt, men vissa metoder har tex 10 cykler innan de börjar räkna och metoden ger då tex CN-värden.

När man verifierar sin metod så analyserar alla ackrediterade labb externa kontrollprover och ska få de svaga proverna positiva också. Så det är inte cykelvärdet som styr utan hur svaga prover man ska kunna detektera. Det finns ingen nationell riktlinje utan beslutas vid varje regions medicinskt ansvariga kliniska mikrobiologer.

I Sverige har vi en ganska bra samsyn mellan klinisk mikrobiologer på att våra PCR-analyser ska vara känsliga, dvs även ta svagpositiva prover.

I nuläget utförs inte alla prover vid samma labb i Region Östergötland. En andel av medborgarproverna går till ett externt labb och de akuta proverna analyseras på akutlabb på länets sjukhus för att ge snabba svar dygnet runt. Huvudparten analyseras dock på klinisk mikrobiologi.

Med vänlig hälsning

Bodil Knuthammar
Pressekreterare

Kommunikationsenheten
Region Östergötland

Den fråga du ställer är i sig enkel, men svaret är mera komplicerat. Vi har sedan mars 2020 använt oss av 8 olika PCR-metoder på vårt eget lab och därutöver minst 2 PCR:er på annat lab. Av de 8 egna används fortfarande idag 6 st. Antalet cykler som körs i dessa varierar mellan ca 29 och 45, beroende på målgen (e-, RdRp-, N- eller S-genen), men någon av dem använder sig också av 8-10 ”pre-analytiska” cykler vilka inte inkluderas i CT-talet. I vissa fall används vidare algoritmer så att positiv PCR för enbart RdRp- men inte e-genen inte leder till att provet klassas som positivt för covid.

Jag hoppas detta ger det dig svar på det du undrar över, hör av dig annars. Vad gäller rekommendationer om antal cykler vet jag inte riktigt vad du menar, det är ju som regel CE-märkta metoder som används och då har tillverkaren i sin utvärdering satt hela protokollet inkl. antalet fördefinierade cykler.

Vänliga hälsningar
Oskar

Med vänlig hälsning
Oskar Ekelund
Överläkare, verksamhetschef | Klinisk mikrobiologi Kronoberg/Blekinge

Hur många cykler en PCR-analys körs beror på vilken analys det är och styrs av tillverkaren av testet genom hur PCR-programmet är designat. De flesta PCR-analyser körs ungefär i 40 cykler. Eftersom det är tillverkaren av testet själva som utprovat det maximala cykelantalet (för att få en så känslig men ändå specifik metod som möjligt) så styrs inte detta av oss som region eller av några andra nationella riktlinjer.

Med vänlig hälsning

Per Rydström
Överläkare | Klinisk mikrobiologi Kronoberg/Blekinge

Vi använder oss av tre laboratorier; Mikrobiologen i Halmstad respektive Varberg samt Dynamic Code i Linköping, så alla analyser av PCRtest i Halland körs inte vid samma laboratorium.

Det finns flera system som används för att detektera SARS-CoV-2 på mikrobiologen i Halland, oftast körs standard system 45cykler. Exempel kan vara ThermoFisher, BD Max, GenXpert och NovoDiag.

För frågor kring Dynamic codes hantering av analyser v.g vänd dig till deras verksamhet i Linköping.

Mvh/Johanna
Region Halland

Det är olika för olika metoder men ca 40 cykler är vanligast. PCR-tester utförs på klinisk mikrobiologi i Karlstad. Enstaka snabbtester har även körts på sjukhusen i Arvika och Torsby.

Antal cykler beror på metod. När det gäller de kommersiella metoderna bestäms antalet cykler av tillverkaren och är inget vi kan påverka. Vi använder oss just nu av tester från Abbot samt Cepheid. Vid starten sattes en så kallad in-house metod upp efter FoHMs rekommendationer och vi följde dem, alltså bestämdes antalet cykler då av FoHM.

Vänliga hälsningar
Charlotta Gestblom

Överläkare/Verksamhetschef
Region Värmland

Alla PCR-kit analyseras utifrån tillverkarens rekommendationer och varje lab använder sig av olika analyser. Därför har jag inget exakt svar på din fråga.

Ha en fin dag!

Med vänliga hälsningar,
Amanda Brissman
Teamledare, Smittspårningsteamet
Region Västmanland

I Dalarna finns tre olika metoder för att med PCR-teknik påvisa SARS-CoV-2 RNA och analys utförs på två olika lab (Falun och Mora). Alla tre metoder har 45 cyklers PCR-amplifiering vilket är det vedertagna för de flesta metoder i världen. Oftast bestämt från tillverkaren och metoderna är validerade utifrån det. Men prover detekteras inte som positiva till och med 45 cykler. Anledningen till att man använder 45 cykler är för att kunna bedöma utseendet på de positiva provernas amplifieringskurvor efter att de signalerat positivt och då behövs fler cykler i PCR-analysen.

Vänligen

https://www.regiondalarna.se/globalassets/signatur/logo.jpg

Tobias Enmark – Presskommunikatör
Region Dalarna – Central förvaltning

Varje Region har olika instrument som de har satt upp SARS-CoV-2-PCR-testerna på.
De tester som analyseras i Region Västernorrland är CE-IVD-märkta så det antal cykler som används är enligt tillverkarens rekommendationer och ingenting som vi själva hittar på.
Vanligtvis är det mellan 40-45 cykler men vi har även någon metod som har färre cykler.
Vi har igång 6 olika metoder för att möta efterfrågan på analyssvar.
Vi och företagen som tillverkar testerna undersöker regelbundet hur testerna fungerar med tanke på de ”nya” stammarna som florerar för att säkerställa att testerna inte ger ut ett falskt negativa svar.

Det finns även en egenprovtagning (via 1177) i Västernorrland. Proverna från egenprovtagningen analyseras av ett externt laboratorium i Solna (ABC-labs). Hänvisar dit för ytterligare information angående dessa prover.

Mvh Anders Henriksson, läkare, Laboratoriemedicin Västernorrland

Antalet cykler som körs bestäms av metodens tillverkare. Oftast ligger det mellan 40-45. Våra metoder följer samma mönster, dvs vi kör mellan 40 och 45 cykler beroende på vilken av metoderna i vårt analysutbud vi använder. Vissa metoder kan automatiskt avbryta fortsatt cykling om ett prov slår positivt tidigt i analysen. Det är inte regionen eller laboratoriet som avgör hur många cykler som körs, utan som beskrivet tidigare, tillverkaren. Skulle man på eget bevåg bestämma sig för att avbryta analysen tidigare gäller inte längre tillverkarens uppmätta metodkänslighet. Dessutom skulle kontroller fallera och analysen skulle blir därmed bli icke bedömbar.

Laboratoriemedicin utför PCR analyser för sjukhuset och regionens hälsocentraler. Prover från allmänheten går till ABC lab.

Hoppas att detta ger svar på dina frågor.
Mvh
————————————————————————————————————————————————————
Peter Drobni, fil.dr
Molekylärbiolog, samordnare för Virusavd. och PCR